Почему сейчас секты не признаются "Церковью", хотя когда-то Иисус и его 12 апостолов тоже были сектой для фарисеев?

Кому нужны конкуренты?

Секта -это часть, отколовшаяся от церкви, до Христа церкви вообще не было, он сам церковь создал

Вот потому и не признают, что сектанты вопреки Библии полагают, что в Своё второе пришествие, Иисус может придти опять в обличии человека...

Преемственность, ничего не попишешь.
Никто, к тому же, не любит конкурентов...

потому что нет согласия в учение.
"... один Господь, одна вера, одно крещение,
один Бог и Отец всех, Который над всеми, и через всех, и во всех нас." (Эфес. 4:5,6)

Христианство и мусульманство, это секты иудаизма. Католицизм и православие, это секты христианства. Шииты и сунниты, это секты мусульманства. И так далее. Религия состоит из лживых СЕКТ, которые ненавидят, враждуют и делают всё назло друг другу.

Секта отрицательна по определению, ведь секта это религиозная группа, отделившаяся от основного направления и противостоящая ему.

У вас неверные сведения. Основной религией был Иудаизм, а вот фарисеи, ессеи, саддукеи были сектой, то есть, отдельной религиозной группой в этой религии.
Иисус Христос жил чётко по канонам Иудаизма, потому называть Его и Его учеников сектантами - просто противоречить истине.
И тут важно заметить, что Иудаизм религия ожидания Мессии, вот когда Мессия пришёл, тогда Иудаизм прекратил своё существование и дал начало новой религии – Христианство.
Замечу, чтобы не было вопросов, что теперь существует Иудаизм, но эта религия не имеет ничего общего с древним иудаизмом, разве, что кроме наименования.
Что касаемо Второго Пришествия Иисуса Христа, то оно подробно описано, и невозможно новое рождение, сказано, что оно будет видно всему свету, что будет всеобщее воскресение мёртвых.

Все религии христианские - секты, вышли из иудаизма - из основной религии значит они все секты, смотрите словарь даля.

Да были и что, разве в этом принципиально важные истины для вашего спасения?

секта или секция иногда даже лучше колхоза невежд... называющимися церковью...