Почему монахов на Афоне выкапывают через несколько лет?

Существуют разные системы захоронения.
В России территории на кладбища достаточно, а в общем в Мире, и, в частности, на Афоне нет, поэтому там есть система, что на кладбище хоронятся упокоившиеся, за два года плоть превращается в прах, и выкапывают кости (кстати, именно отсюда произошла поговорка: "Что ты мне косточки промываешь" то есть, докапываешься до глубин), промывают и складируют, в специально отведённых местах.
Согласно традиции: если кости белые, то монах покоится в раю.
Если кости серые, то монах оказался недостойным рая, и тогда за него усиленно молятся.

Богу не нужны кости человека, чтобы его воскресить, новое тело будет из новой материи, а выкапывают монахов для того, чтобы по состоянию костей определить, куда монах попал, в рай или в ад

"Что мирскому ужас, то монаху не страшно"
Связано это в том числе с тем, что на горе очень сложно выкопать могилу в силу того, что там наблюдается явный дефицит земли. А долбить лопатами твердый камень – дело проблемное.
Умерший монах, по традиции, должен быть похоронен в тот же день.
40 дней за его душу будут молиться собратья, перебирая бусинки на четках.
Одна бусинка – одно прочтенное правило.
А через 3 года могилу раскопают, кости достанут, а по их внешнему виду будут судить о том, насколько хорошо "устроился" усопший монах на том свете.
Если от покойного осталось что-то, кроме костей, тело не истлело до конца, значит, душа монаха еще не принята на небе по причине небезгрешности покойного.
Как только в могиле остаются только кости, останки бывшего монаха аккуратно изымаются и тщательно промываются в воде, смешанной с вином.
Закончив процедуру омовения, кости усопшего переносятся в специальное хранилище – костницу.
Здесь они будут храниться на протяжении долгих-долгих лет.

А как узнать святой был человек или нет?

Эта технология называется "хаукарль".
https://lurkmore.to/Хакарл

Так ведь РПЦ нужно восполнять запас мощей - безотходное производство! :)))

А как воскресить кремированного?
Бог способен восстановить что угодно. Из какого угодно состояния.