Я вот чего понять не могу: что в христианстве, исламе и иудаизме называется душой? Если это личные качества человека,

Физический мозг - это только инструмент для действий в физическом мире. Он связан с нашими тонкоматериальными составляющими, ментальным, каузальным мозгом, но эта связь на нынешнем этапе эволюции прикрыта завесой материи.
Душа состоит из нескольких частей. Абсолютно бессмертна, только высшая её часть - божественная Монада, можно назвать её Духом, Атмой. Ниже идёт духовная часть, каузальная, ментальная, астральная. Все лучшие накопления и добродетели за каждое воплощение накапливаются в каузальном теле. Пороки разлагаются вместе с астральной частью души после каждой смерти. Если происходит крайне редкий случай, и за десятки и, даже сотни воплощений, личность ничего не положила в каузальную копилку своей духовности, то божественная Монада отрывается и начинает создавать новую личность. То есть, всё плохое от нас отрывается и разлагается после каждой смерти. К каждому новому рождению остаётся только лучшее плюс нерешённые проблемы, ведущие к перерождению. Но, если личность деградировала до 100% негатива, она уничтожается полностью.
Наши высшие уровни Души пока совершенно не развиты и существуют только в потенциале, ибо мы находимся почти вначале пути. Да есть у каждого личная индивидуальная Монада, но связи с ней практически пока нет. С каждым воплощением, развивая духовное тело, мы плетём связь с этой нашей бессмертной сущностью. А пока у нас достаточно развита лишь животная, астральная часть души и чуток ментальная.

душа это программа ДНК отвечающая не только за построение материи, но и за
Чувства, Эмоции, Инстинкты.

дух это Сознание, мысль/мышление в ипостаси проявления

мозг полностью обновляет клетки за три года. как и всё тело, однако ты помнишь, что было в детстве

А ты почитай труды академика Н.Бехтеревой, нейрофизиолога, крупного исследователя мозга. А ещё она научный руководитель Института мозга человека РАН.
Она например полагала, что мысль су­ще­ст­ву­ет от­дель­но от моз­га.

"Душа"- это наша истинная сущность, существующая в виде энергии, где хранятся все наши воспоминания, личность и пр.. пр.
Те кто практикует выходы из тела, отлично это знают (как например и буддистские монахи).

Мозг- это как радиопередатчик, через который наша сущность транслирует всё в реальный мир. И когда мозг частично повреждён, то он передаёт информацию искажённо.
(поэтому кажется что человек "поменялся").
Человек не менялся, он такой же, каким и был всегда, просто его поломанное тело уже не способно правильно всё воспроизводить.

Это как музыка в радиоприёмнике. Если он плохо ловит, то песня хрипит и прерывается. Но это проблема приёмника, а не песни. Песня прекрасна и совершенна в первоисточнике.

В Библии словом «душа» переводится еврейское слово не́феш и греческое слово психе́. Еврейское слово буквально означает «дышащее существо», а греческое — «живое существо» *. Таким образом, душа — это сам человек или животное, а не что-то внутри тела, что продолжает жить после смерти.