Ставят ли на консульский учёт с двумя гражданствами?

На консульский учет вы можете встать в консульстве России в Эстонии, если место вашего ПМЖ Эстония и наоборот. Но вы видимо не в курсе, что прибыв на территорию России вы будете рассматриваться только как гражданин России, а на территории Эстонии, только как эстонский гражданин. Отсюда и обязанность в России - идти в армию и они имеют полное право при пересечении границы России задержать вас и призвать на службу, если в базу данных будете внесены, как уклоняющийся от призыва.

Не создавай себе сложности.

Пока у тебя есть регистрация по месту жительства, ты считаешься проживающим в России. Поэтому обязан состоять на воинском учёте. Вот когда "выпишешься", тогда и можешь считаться постоянно проживающим за границей и не будешь обязан состоять на ВУ. Заявление можно прислать в УВМ (ФМС) из Эстонии по почте, заверив его в консульстве. Не забудь подать уведомление об иностранном гражданстве в течение месяца, как въедешь в Россию, если ты ещё не подал. Консульский учёт -- по желанию. Иностранная регистрация -- внутренние дела иностранного государства.

Поймают и в армию отправят.

Гражданин России, проживающий за границей, обязан сняться с воинского учета. Следовательно, после этого он призыву в армию не подлежит. При возвращении для проживания в Россию гражданин обязан снова встать на воинский учет, и может быть призван в армию. Регистрационный учет в России и консульский учет вообще к делу отношения не имеют. Воинский учет, регистрационный учет и консульский учет теперь никак между собой не связаны.

Как гражданин РФ, в России Вы будете рассматриваться исключительно как гражданин, а не иностранец. Никакая регистрация по эстонскому паспорту в Эстонии не спасёт, только ещё повестку из эстонского военкомата дождётесь.
Действовать нужно так:
1) Самое лучшее - определить для себя. патриотом какой страны вы себя ощущаете больше, туда и идите проходить срочную службу. Это священный долг в обоих странах.
2) Если желаете хитрить, то хотя-бы делайте это с умом. Попытайтесь встать на консульский учёт в посольстве РФ в Эстонии по российскому паспорту, если Вы конечно сюда как гражданин РФ прибыли. Если изначально по эстонскому паспорту прибыли, то даже в консульстве Вам не помогут, ибо получается что Вы как гражданин РФ прибыли в Эстонию незаконно, не по паспорту РФ.
Если получится встать на консульский учёт в посольстве, то автоматически избавитесь от обязанности проходить срочную службу в армии (флоте) . как постоянно проживающий за границей. От регистрации по месту жительства в РФ, при этом, придётся отказаться.

надо было раньше думать. для того, чтобы встать на учет в руссийском консульстве в эстонии, надо переезжать на пмж в эстонию. пока армию не отбарабанишь тебе это никто не разрешит. также придёться делать новый загранпаспорт, что также не сделают. попался ты по полной. будешь русским шпионом в эстонии. больше не будешь на халяву ездить по европам. ко всему у тебя могут быть в любое время нешуточные проблемы если узнают о твоём руссийском гражданстве ...Гражданин Эстонии не может одновременно быть гражданином другой страны. Эстонское гражданство теряется в связи с приобретением гражданства другой страны.... так что ты себя уже засветил, тьюрма уже плачет по тебе.