Где нужно поставить запятые в этих предложениях?

1. Мрак и холод охватили город, (1) и в нём стало неуютно.
Запятая 1 в сложносочинённом предложении разделяет два самостоятельных простых, которые имеют свои грамматические основы: "мрак и холод" -- подлежащие, "охватили" -- сказуемое; "стало неуютно" -- сказуемое.
2. По каждому поводу он вступал в длинные, (2) ожесточенные споры не только с бухгалтером, (3) но и с директором.
Запятая 2 разделяет однородные члены предложения (определения), которые характеризуют предмет с разных сторон, но объединены о нём общим впечатлением, производимым на окружающих.
Запятая 3 разделяет однородные дополнения, соединённые парным союзом "не только, ... но и", перед второй частью которого необходимо ставить запятую.
При составлении второго предложения нарушена последовательность употребления его компонентов.
"В споры и полемику" -- плеоназм.

не нужны
первое предложение построено коряво

в одном месте: после "с бухгалтером, "

мрак и холод охватили город, и в нем стало неуютно

по каждому поводу он вступал не только с бухгалтером, но и с директором в длинные ожесточенные споры и полемику

Нигде

мрак и холод охватили город, и в нем стало неуютно.
По каждому поводу он вступал, не только с бухгалтером, но и с директором, в длинные, ожесточенные споры и полемику.

Во 2-ом предложении перед союзом "но". Больше нигде.