где нужно поставить запятые?

1; 3; 4
Это 100 % правильно
Могу объяснить!
Номер 1 - граница сложного предложения
Номер 3 - граница сложного предложения
Номер 4 - ИБО (можно заменить или) . В общем это тоже граница сложного предложения
Удачи!

Поздней осенью очень быстро темнело, и (,) когда сумерки уже зарождались под неприветливым небом, треск ветвей стал особенно слышен, ибо все остальное замерло.

Вопрос только в том, нужна ли запятая на месте (2), ибо на всех остальных местах запятые нужны.

Так вот, здесь она нужна.

Сравните:
Надвигалась гроза, и, когда тучи заволокли все небо, стало темно, как в сумерки.
А вот здесь не нужна:
Надвигалась гроза, и когда тучи заволокли все небо, то стало темно, как в сумерки

2 и 4

Поздней осенью очень быстро темнело, и, когда сумерки уже зарождались, под неприветливым небом треск ветвей стал особенно слышен, ибо все остальное замерло.

Поздней осенью очень быстро темнело (закончилось одно предложение) , и когда сумерки уже зарождались под неприветливым небом (придаточное) , треск ветвей стал особенно слышен (второе главное) , ибо все остальное замерло (придаточное).

1, 3 и 4.
Поздней осенью очень быстро темнело, и, когда сумерки уже зарождались, под неприветливым небом треск ветвей стал особенно слышен, ибо все остальное замерло.

3 и 4

Поздней осенью очень быстро темнело, и когда сумерки уже зарождались под неприветливым небом, треск ветвей стал особенно слышен, ибо всё остальное замерло. Получается 1, 3, 4.

1,2 и 4

Везде)

1.3.4 это ССП