Воспитанник барнаульской школы футбола «Динамо» и училища олимпийского резерва города Ленинск-Кузнецкий Кемеровской области. Первые тренеры — Геннадий Иванович Смертин, Геннадий Васильевич Гришко и Валерий Николаевич Белозерский.
Выступал за клубы российского первого дивизиона «Динамо» (Барнаул), «Заря» (Ленинск-Кузнецкий), «Уралан» (Элиста). После выхода «Уралана» в высший дивизион стал привлекаться в сборную России, в 1999 году перешёл в московский «Локомотив».
В 2000 году перешёл во французский «Бордо». В 2003 году куплен в «Челси» за 3,45 млн фунтов, однако два сезона из трёх отыграл в аренде — в клубах «Портсмут» и «Чарльтон Атлетик». 29 сентября 2004 года в матче Лиги Чемпионов «Челси» — «Порту» забил свой первый гол за «Челси».
В 2006 году перешёл в московское «Динамо», но отыграв один сезон, вернулся в Англию, в «Фулхэм», где пробыл до августа 2008 года.
Сыграл 55 матчей за сборную России, в 2004—2005 годах был её капитаном. Участник Чемпионата мира 2002 года и Чемпионата Европы 2004 года.
С 2010 года выступал за новообразованный пляжный футбольный клуб «Локомотив» (Москва) и выиграл с командой чемпионат России 2010 и 2011.
12 ноября 2010 года был назначен советником президента «Локомотива» по селекционной политике.
16 августа 2011 года был назначен вице-президентом «Локомотива» по аналитической работе и спорту. Однако меньше, чем через год, по окончании сезона 2011—2012, был уволен с этого поста.
29 мая 2012 года защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидат психологических наук по специальности «социальная психология» в диссертационном совете МГОУ.
С сентября 2013 года работает в московском «Динамо» советником Президента.
Старший брат Евгений — также футболист.
Смертин вошёл в комитет УЕФА
Экс-полузащитник сборной России Алексей Смертин теперь является членом комитета УЕФА.
«Вне всякого сомнения, для меня это большая честь работать в компании с Давором Шукером, Луишем Фигу, Деяном Савичевичем, Фернандо Йерро. Уверен что присутствие России в футбольном комитете очень важный момент. Хочу уже как можно быстрее начать работать и надеюсь, что смогу принести пользу российскому футболу», - цитирует Смертина официальный сайт «Динамо».
Алексей Смертин является заместителем исполнительного директора московского «Динамо».
Алексей Смертин является одним из создателей СДЮШОР своего имени в Барнауле, где бесплатно занимаются футболом 650 юных футболистов; а также учредителем благотворительного фонда «Юные дарования», который опекает подрастающих спортсменов и деятелей искусств.
7 сентября 2007 года Смертину присвоено звание «Почетный гражданин города Барнаула».
С 2009 года учился на втором высшем в Алтайском филиале Сибирской академии государственной службы в Барнауле по специальности «Государственное и муниципальное управление».
1 марта 2009 года был избран депутатом Алтайского краевого Законодательного собрания от одномандатного округа в Барнауле.
Комментировал матчи сборной России по футболу и игры чемпионата. Его комментаторский дебют пришёлся на 12 сентября 2007 года на матч Англия - Россия (3:0).
1 мая 2014 года был избран председателем Федерации футбола Алтайского края.
Хороший грамотный специалист и сам в прошлом отличный защитник, поигравший в Сборной. Будет отстаивать спортивные интересы России в УЕФА.
