Материнский капитал на достройку часного дома. Как это сделать?

Увы, но в Вашем Пенсионном Вам ерунду говорят, сам занимаюсь этими вопросами. Во-первых, потому что в настоящее время в соответствии с поправками погашаются внесенными в 256-й Федеральный закон с 01.01.2009г. погашаются только кредиты/ссуды/ипотечные кредиты взятые на ПРИОБРЕТЕНИЕ жилья и ничего более. Через три года, после рождения ребенка, давшего право на материнский (семейный) капитал можно использовать его погашение кредитов, взятых на строительство жилья, но в качестве одно из документов, которые необходимо при этом предоставить в 862-м Постановлении Правительства РФ указан договор строительного подряда, т. е. строить Вам должна строительная организация. Поэтому, когда люди спрашивают совета, брать ли им в подобных случаях кредит на эти цели, обычно советую не горячиться, поскольку можно влезть в него, а маткапитал не поможет. Думаю, что больше ясности в этом вопросе будет тогда, когда начнётся использование средств маткапитала по этому направлению, т. е. после 1 января 2010 года. С погашением кредитов в начале этого года тоже была масса вопросов, сейчас всё уже устаканилось.

Только на приобретение недвижимости взятой в кредит и обязателен договор подряда.

в пенсионном фонде правильно говорят. Об учете сертификата Вам нужно разговаривать в банке. Всё остальное только Ваши проблемы-Вам же нужно второй этаж строить, а не пенсионному фонду или банку.
Думаю надо для начала сходить в банк и определиться сколько же могут дать в кредит.