Река Неглинная начинается в районе Марьиной рощи. Река течет с севера на юг (до слияния с речкой Напрудной — на юго-восток) под современными улицами Стрелецкой, Новосущёвской, улицей Достоевского, под 3-м Самотёчным переулком и Самотёчной площадью, проходит по широкой долине Цветного бульвара, под Трубной улицей и Трубной площадью, под Неглинной улицей, далее река поворачивает на юго-запад и течет под Театральной площадью, Манежной площадью, под Александровским садом, вдоль Кремлёвской стены до впадения в Москву-реку (у Водовзводной башни Кремля) . К 1966 г. создано второе устье: сооружён коллектор (длиной около 1 км, диаметром до 4 м) , протянувшийся от Театральной площади под улицами Никольской и Варваркой, который сливает воды Неглинки в Москву-реку (почти на 1 км ниже старого устья) недалеко от бывшей гостиницы «Россия» .

