В старину существовали двойные фамилии,пишущиеся через дефис.Почему они исчезли и почему были?

Во-первых это дворянские фамилии. Из-за разветления рода, например. То есть терять фамилию рода не хочется, но он слишком большой и ветви его получали дополнителньые фамилии. Иногда такие фамилии получали родственники какого-то вымершего, но славного в истории рода по указу царя. То есть родовое имя добавлялось к родовому имени родственников. Почётные фамилии. Например Семёнов Тянь-Шанский получил эту фамилию после проведения исследований Тянь-Шаня. Ну и люди искусства. Петров-Водкин, Панкратов-Чёрный (как я понимаю у него она не официальная).

Почему это они исчезли? Например, двое моих знакомых имеют двойную фамилию...

Ну почему же исчезли, у меня коллега с двойной фамилией, девичья+по мужу...

:) Если достаточно старый род прерывался на последнем носителе - наследнике,
и им была женщина, то для продолжения существования фамилии и появлялись двойные.
Сохранялись отеческие фамилии, становясь двойными, довольно часто и при замужестве с иностранцами.
Это помимо прозвищ - названий и указаний на заслуги перед гос-вом

В старину фамилии были только у дворян, часто они получали приставку за залуги или когда два знаменитых (или не очень) рода объединялись путём браков. После революции фамилии стали получать все, поэтому они перестали быть дворянской привилегией, да и за заслуги награждали материальным, но фамилии через дефис можно встретить и сегодня, а если постараться, можно потребовать в органах ЗАГС получить себе такую