Почему в 1941 году (в начале войны) в Красной Армии были разные звания на одинаковых должностях?

Просто перед войной, ВЫПУСТИЛИ много репрессированных военных, а новые звания, им не присвоили, вот и ходили они, в "старых"!

В армии постоянно идут реформы, в тот момент реформа была также в системе званий. Или вы думаете, заменить все звания можно за одну ночь?

Не только 1941, а всегда допускается выполнение обяззонностей не по званию. У воееных известны случаи когда должность занимали военнослужащие значительно отстающие в звании, но не в способностях.

Комдив Комкор и т. д. это не фактическая должность а звание. Ромбы соответствовали младшим командирам (от лейтенанта до капитана но назывались по другому) Шпалы-старшим. Звезды-высшим (генеральским) . А в том что дивизией могут командовать от полковника до генерал майора или полком от майора до полковника-это обычное явление. Перед войной появились новые звания-капитан майор полковник-генерал-майор и т. д. Все должны были пройти переатестацию. Это заняло некоторое время. И возникла временная путанница-одни комдивы а другие уже генерал-майоры.

В армии существует "вилка" званий для конкретной должности. И сейчас. Капитана ставят на должность, а для должности прописано, что самым высоким званием для занимающего её должен быть, к примеру, подплковник. И офицер "растёт", занимая эту должность. Если он перспективный, его могут перевести на должность с более высоким "потолком". А не справится - уйдёт на пенсию майором.

так вообще всегда и сейчас так
вот кто есть по званию медведев, неужели маршала присвоили или обошлось? а он главнокомандующий

После 37-39 годов в армии не хватало кадров. Многие репрессированные были или понижены в звании, или остались на том уровне, которого достигли до репрессий. Затыкали дыры чем есть.. .
Вот и получился такой венигрет...

Да и сейчас так. Командиром полка может быть и полковник и майор.

Сложно все это.
Реформа званий была предложена Ворошиловым.

Однако, предложенная Ворошиловым система генеральских званий совершенно упустила из виду звания для должностей уровня командующий армией, командующий фронтом. Все же, это явное несоответствие, когда командир корпуса, командующий армией и командующий фронтом будут иметь одинаковое звание.

Вдобавок, очевидно были обижены комкоры и командармы 1 ранга. Ворошилов, фактически, как бы предлагал снизить их в званиях.

И наконец дитя долгих споров и раздумий - система генеральских званий Красной Армии была введена Указом Президиума Верховного Совета СССР от 7 мая 1940 года. Однако они были введены только для командного состава. Начальствующий состав (военно-политический, военно-технический, военно-медицинский, военно-ветеринарный, юридический, административный и интендантский состав) остался с прежними званиями, которые будут изменены только в 1943 году. Впрочем, комиссары получат генеральское звания осенью 1942 года, когда будет упразднен институт военных комиссаров. Очевидно в 40 году решение по званиям высшего начальствующего состава было отложено пока не будет предложена приемлемая система званий для них.

Присвоение генеральских званий расценивалось, как отличие (поощрение) , поэтому и были одновременно и генералы и комбриги, комкоры.

Комбриг - Генерал- майор, Бригадный комиссар Комиссар- генерал- майор
Комдив, комкор - Генерал- лейтенант, Дивизионный комиссар Корпусный комиссар Комиссар-генерал- лейтенант

Командарм 1 ранга, Командарм 2 ранга - Генерал.. . (пехоты, артиллерии,
бронетанковых войск, инженерных войск, авиации, кавалерии, Армейский комиссар 2 ранга - Комиссар-генерал.

А полковое звено перешло на новые звания, практически, одновременно

Звание генерал-полковника - по статусу оно стало выше звания генерал-лейтенанта и ниже звания генерала армии, при этом для специальных родов войск это звание являлось высшим (как позднее главный маршал рода войск) . Сразу после издания указа звание генерал-полковник получили И. Р. Апанасенко, О. И. Городовиков, А. Д. Локтионов, Г. М. Штерн, звание генерал-полковник танковых войск получил Д. Г. Павлов, звание генерал-полковник артиллерии получили В. Д. Грендаль и Н. Н. Воронов.