Почему при Джугашвили массово репрессировали лучших учёных СССР? Неужто гении СССР тоже были "врагами народа"?

Ну лишь несколько примеров этого ужаса.

Георгий Дмитриевич Карпеченко - советский учёный-генетик с мировым именем. Заложил теоретические основы для использования отдаленной гибридизации в селекционной работе и существенно пополнил представления о возможных путях генной инженерии цветковых растений.
Расстрелян.

Дмитрий Фёдорович Егоров - значимый российский и советский математик. Президент Московского математического общества. Учениками Егорова были академики Н. Н. Лузин, П. С. Александров, а также И. Г. Петровский, И. И. Привалов, В. В. Степанов, В. В. Голубев, Л. Н. Сретенский, Д. Е. Меньшов.
Погиб в заключении после голодовки.

Борис Михайлович Гессен - советский физик, философ и историк науки. Его блестящий доклад «Социально-экономические корни механики Ньютона» на втором Международном конгрессе по истории науки и техники в Лондоне послужил важным стимулом в развитии экстерналистского подхода к написанию истории науки.
Расстрелян.

Николай Константинович Кольцов - русский биолог, основатель русской советской школы экспериментальной биологии. Первым разработал гипотезу молекулярного строения и матричной репродукции хромосом. Первым же из русских учёных привнёс физико-химический метод, вошедший в набор основных методов биологических исследований.
Скончался от обширного инфаркта после снятия с директорства в ИЭБ и допросов по делу Н. И. Вавилова (видать очень усердно допрашивали).

Владимир Сергеевич Игнатовский - физик, специалист в области оптической техники и теоретической оптики, доктор физико-математических наук. Основоположник научно-педагогической школы СПбГУ ИТМО. В 1910 году Игнатовский первым получил преобразование Лоренца на основе теории групп и без использования постулата о постоянстве скорости света.
Расстрелян (вместе с женой-домохозяйкой).

Дмитрий Иванович Мушкетов - русский, советский геолог, специалист в области региональной геологии и тектоники, доктор геолого-минералогических наук. Один из главных создателей Горного Института прикладной геофизики имени проф. В. И. Баумана. Пользовался мировой известностью и огромным авторитетом среди геологов.
Расстрелян.

Борис Васильевич Нумеров - один из ведущих советских астрономов, который в связи с проблемой создания каталога слабых звёзд, предложил в 1932 году план наблюдений избранных 10 малых планет для определения точки весеннего равноденствия и положения экватора для этого каталога. По этому плану на 19 обсерваториях разных стран с 1956 по 1975 годы было получено свыше 22 000 точных положений планет.
Расстрелян.

Лев Васильевич Шубников — советский физик-экспериментатор, специалист в области физики низких температур, профессор, соавтор открытия «Эффект Шубникова — де Хааза».
Этот великий учёный был расстрелян 10 ноября 1937 года.

Александр Александрович Пороховщиков - российский инженер-конструктор, лётчик, предприниматель. Создатель первого русского «танка Вездехода». Так же, В 1914 году построил первый в мире успешно летавший самолёт двухбалочной схемы — двухместный разведчик. Расстрелян.

Георгий Эрихович Лангемак - один из пионеров ракетной техники и один из основных создателей реактивного миномёта «Катюша». Основоположник исследований по конструированию реактивных снарядов на бездымном порохе, открыл так называемый закон подобия, знание которого позволило определять оптимальную геометрию сопла реактивного двигателя без длительных дорогостоящих экспериментов — аналитическим расчётом.
Расстрелян.

И причём этот по своей сути страшный список можно продолжать ох как долго.