Чем отличается Windows NT от Windows 9x

Тут уже правильно ответили, что отличаются ядром.
В те времена, когда одновременно продавались NT и Windows 9x, NT позиционировалась как дорогая надежная операционка для работы, она существовала в двух вариантах: Server и Workstation. Windows 9x позиционировалась как операционка для домашнего компьютера, основное назначение которого - мультимедиа и игры.
Из Windows 9x (но не из Windows ME) можно было выйти в "чистый DOS".
И еще одно отличие - если "подвисало" одно приложение, в Windows 9x оно часто "вешало" операционку вплоть до того, что приходилось нажимать RESET, в Windows NT все приложения изолированы друг от друга и проблемы с одной программой обычно не влияли на работу других программ.

Главным образом тем, что в NT была впервые опробована файловая система NTFS и была введена нормальная работа с сетью

ядрои.
просто 2 совершенно разные системы сделанные под совершенно разные нужды.

Windows 9x - не совсем полноценная операционная система, скорее - это очень большая надстройка над DOS. В Win9x не виртуализовались прерывания, что зачастую и приводило к падению всей системы в результате зависания отдельных процессов. Вообще, мультизадачность там была весьма условная.. . как и 32-ухразрядность. NT - изначально полноценная 32 разрядная мультизадачная система. Что делало ее намного более устойчивой, но вызывало проблемы с работой приложений под DOS, особено что касается мультимедиа.