какие ОС используют такие организации как ЦУП?

В состав ИВС ЦУП входят Телеметрический, Баллистический и Командный информационно-вычислительные комплексы (ИВК) . Основу парка вычислительных средств этих комплексов составили около 30 серверов и более 200 рабочих станций HP на основе Intel- и RISC-процессоров. Важнейшее оборудование работает в режиме горячего резервирования, обеспечивая высокую отказоустойчивость и надежность комплексов.

Информация, обработанная в реальном времени в указанных ИВК, через локальную сеть ЦУП поступает на рабочие места специалистов по управлению полётом, на средства коллективного отображения информации в главные залы управления и в центральную базу данных. Здания ЦУП соединены высокоскоростными оптоволоконными каналами, внутри зданий используются структурированные кабельные системы. Основным каналообразующим и коммутационным оборудованием являются маршрутизаторы и коммутаторы компании Cisco Systems. Управление локальной сетью ЦУП выполняется с помощью приложений HP OpenView. Оперативный режим управления и решения по резервированию, заложенные при проектировании локальной сети, позволили добиться высокой надежности функционирования сети, так необходимой Центру для обеспечения круглосуточного режима работы на протяжении более 15-ти лет.

Комплекс внешних информационных обменов, основными элементами которого являются маршрутизаторы, сетевые серверы и персональные компьютеры HP и Cisco Systems.

Для упраления космическими аппаратами связи предназначен
сервер IBM System p5.

DOS наверное ))) у них свое стоит

В США Unix стоит, а у нас стоит наверное все начиная с DOS :)

unix

Явно не общедоступные.. . На обычных компах может стоять и линукс и вин (но крайне сильно переделанный)