собираюсь купить ноутбук и возник вопросик (см внутри)

1. что значит " ноутбук с заводской программой виндовс"?
Значит, что на ноутбуке установлена ОС Windows. Т. е. Вам всё правильно объяснили в магазине.
2. Какой лучше брать?
Если купите ноутбук с установленной Windows, то диск с ОС магазин не выдаёт, так же как и не выдаются драйвера (это только на ноутбуках) . Но это не страшно, т. к. драйвера скачиваются с интернета абсолютно легально. А для переустановки Windows (примерно через год-два) придётся сделать следующие шаги (для Windows 7):
- Скопировать лицензионный ключ. Зайдите в "Панель управления" -> "Система и безопасность" -> "Система", там увидите раздел "Активация Windows" в нём есть "Код продукта", это Ваш лицензионный ключ.
- Скачайте с интернета дистрибутив Windows (не пиратскую, взломанную копию, а обычную) и запишите его на диск.
- При установки Windows введите Ваш лицензионный ключ.
Если возмёте диск и сами будите ставить ОС, то ничего сложного нет, т. к. последняя Windows 7 устанавливается очень легко, Вам даже в BIOS заходить не придётся, потому что когда ноутбук при включении увидит, что жёсткий диск чист, то автоматически выполнит загрузку с дисковода (в который Вам нужно вставить диск) . Если система руссифицирована, то там всё будет понятно, т. к. каждый шаг подробно описан.
P.S. Ноутбуки с установленной ОС стоят на пару сотен дороже, т. к. магазины берут деньги за установку ОС. Цены точно не знаю, т. к. не работал продавцом, но в сервис-центрах установка стоит порядка 350 - 500 руб.
3. В том и другом случае это виндовс лицензионная или нет?
В обоих случаях Windows лицензионная. Магазины не торгуют пиратскими копиями.

конечно лицензионная не лицензионную скачаешь где захочешь

Лично мне нравиться с установкой самому с отдельного диска, так удобнее менять операционки. Конечно прилагается лицензионная винда. Впрочем это не так важно. Важнее купить красивый надёжный ноутбук.

в обоих случаях идет лицензия . просто в первом она вшита уже в комп и тебе просто надо будет выбрать язык и продолжить установку . во втором случае если отдельно идет диск то придется устанавливать через биос . хотя и в первом случае диск тоже будет

В магазине объяснили все правильно.
Я бы лучше взяла с прилагаемым диском (тоже лицензия, но зато в случае переустановки или восстановления системы этот диск очень пригодится)
Ну а там все может быть, смотря какой магазин, могут и пиратскую операционную систему дать.

разницы никакой абсолютно. Если приобретать диск с виндовс в том же магазине где и ноут, то он тоже будет лицензионным.

" ноутбук с заводской программой виндовс" - завод по лицензии майкрософт ставит ОС Виндовс на выпускаемые ноуты, цена следовательно выше, но зато всё официально. Есть ноуты с установленной Линукс, Это бесплатная ОС, но, судя по вопросу, не для тебя.. .
Так что лучше бери с предустановленной ОС.