Почему не убираются из автозагрузки программы? В msconfig снимаю галочки и после перезагрузки все на месте!

Они убираются, но при первом же запуске обратно туда лезут.

Это просто сизифов труд, но есть спец. софт, она не пускает обратно в автозагрузку, и позволяет полностью всё видеть и контролировать на компе

http://www.anvir.net/

AnVir Task Manager - это бесплатная системная утилита, которая позволяет контролировать все, что запущено на компьютере, а также предоставляет удобные инструменты для настройки компьютера

Управление автозагрузкой, запущенными процессами, сервисами и драйверами и замена Диспетчера Задач

Обнаружение и удаление вирусов и spyware

Тонкая настройка XP, Vista и Windows 7, включая установку скрытых настроек

Ускорение загрузки Windows и работы компьютера

И много всего...,если руки есть.. .
Ролик лучше ознакомительный посмотреть, сразу понятно будет...

системные файлы из автозагрузки не все удаляются, ещё может быть включена служба, или просто вирус поймал

Там должно быть либо удалить, либо выключить.

Если хочешь сто процентов решить проблему автозагрузок то слушай.
Зачастую через автозагрузки не выключить программы )) они сопротивляются, нужно это делать через редактор реестр, но очень осторожно, можно снести всю систему, кто не понимает не советую.
В реестре Windows 7 автозагрузка представлена в нескольких ветвях:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run] ‐ программы, запускаемые при входе в систему.
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce] ‐ программы, запускаемые только один раз при входе пользователя в систему. После этого ключи программ автоматически удаляются из данного раздела реестра.
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run] ‐ программы, которые запускаются при входе текущего пользователя в систему
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce] ‐ программы, которые запускаются только один раз при входе текущего пользователя в систему. После этого ключи программ автоматически удаляются из данного раздела реестра.
Подробнее http://www.securitylab.ru/contest/384245.php

Если не хочешь изучать и рыться, заходишь в редактор реестра по этому пути, а вообще любой путь можно узнать в конфигурации системы, раздел - автозагрузки в столбике - расположение, наводишь и тебе показывают путь.
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run] ‐ программы, которые запускаются при входе текущего пользователя в систему и удаляешь нежелательные для тебя программы в папке Run, там как раз список автозагрузок ))