Почему многие так ругают сборки и распускают слухи про вирусы в них?

потому что их тупорылые антивирусы зачастую в fixed exe видят "неправильный" код. Скажем так.

Потому, что не каждая сборка сделана качественно. Потому, что в них действительно есть вирусы. Потому, что встроенный в сборки ДрайверПак не подходит к 90% компов и нарушает их работу.

не знают проверенных сборок от LonerD

http://lurkmore.ru/Сборки_Windows

Сам процесс создания выглядит так:
...
Отключение различных функций, назначение которых сборщику просто не известно, из-за чего впоследствии система выглядит и работает как положено;

Впиливание тысяч тем, обоев, мусорного быдлософта, как бесплатного, так и с кряками, и (чтобы не было скучно) ;

Правятся редакторами ресурсов и модифицируется куча системных библиотек, а чтобы w:Windows_File_Protection не вопила о измененных системных файлах, патчится в придачу sfc_os.dll со списком защищаемых файлов. Так что файлы, cкушанные компутерным червием никогда не восстановятся;
---------------------------------------

как следствие - как только с такой виндой начнуться проблемы, ни один эксперт с любого форума не возьмется помочь, как только догадается, что у тебя - сборка. Оно ему надо - решать чужие ребусы?

Далее:
http://wese.ru/showthread.php?p=1993

20.01.2010 За последние пару дней в сети началась крупнейшая Ddos атака на все ресурсы, посвященные безопасности.. .
самое интересное, на практически всех ПК стоит операционная система ZverCD

Потому что это есть правда.

Ну ты поставь серьёзный антивирус такой как Kaspersky Internet Security 2011 или Symantec AntiVirus11 поставь диск со сборкой и проверь тупо на вирусы.

Я не за вирусы ругаю, а за вносимые в них изменения.
Ведь не факт, что на такой системе не возникнет проблем с совместимостью.
Кто вносит изменения в систему? Уверен ли этот человек, что его изменения не коснутся работы программ (то есть, что он меняет не нужный сервис/компонент) ?

Вот поэтому и ругаю. Разработчики (Майкрософт тобиш) знают, что делают и располагают всей документацией, чтобы корректно вносить изменения, а такие вот "гаражные" поделки могут работать нестабильно. Иногда даже не нужный, казалось бы, компонент оказывается важным. Просто пользователь далеко не всегда знает и понимает, как что-то работает.

Может быть потому, что большая их часть сделана кривыми руками самоучек и там реально есть вирусы!?)

Если о виндовых сборках - то да, пакость еще та! Лучше поставить "чистую" винду и самому настроить что и как хочеться.
А вот про сборки Никсов - все на ура! ))) свободная система, с ней вправе каждый делать что ему необходимо и делиться этим с другими. А под никсы вирусы еще попробуй найди )))

Просто там есть подозрительные файлы, но чаще всего там реально сидят вирусы!