Что лучше - обычные программы, которые вносят данные в сраный реестр или portable-программы?

Ну, понятие portable сейчас трактуется достаточно вольно.. .некоторыми не обремененными принципами.
Классическая portable программа не вносит никаких записей в реестр, не добавляет своих компонентов в системные папки и может быть запущена с флешки, при окончании работы- не важно, какому - штатному или вылету по ошибке - никаких изменений в системе остаться не должно.
Сейчас есть проги, позиционируемые как portable но таковыми по сути быть не могущими - ну типа daemond tools portable - он по определению должен поставить в систему драйвер виртуального привода, иначе другие проги его не увидят...
так что с этим надо аккуратнее - портативная версия должна быть выпущена либо самим разработчиком программы, либо имеющими репутацию и работающими в тесном контакте с разработчиками проектами portable софта (пример - http://portableapps.com) иначе рассчитывая на портативность можно серьезно нарваться...
А если это соблюдено - портативный софт всегда предпочтительнее - реестр и системные папки не разрастаются до неприличия, все настройки хранятся в папке проги и при переустановке системы (бывают в жизни неудачи) (если хватило ума развернуть ее ина диск не с виндой, например на D:) достаточно просто ее ярлык на стол вытащить, какая-либо переустановка не нужна. В случае например браузера это гарантия что при крахе системы с закладками, паролями и пр. проблем не возникнет....

лучше обычные... потому что портабл часто делают школяры, не имея представления как это делается, отсюда глюки и прочие радости...

по мне portable

Если к софтине не нужны плагины и не требуется полностью весь ее потенциал, то portable конечно лучше. Не требует установки, быстро запускается, не оставляет следов в винде.