Тормозит система после разбития жесткого диска на 2 раздела

"Тормозит система после разбития жесткого диска на 2 раздела"

Разбивали то в чем, в виндовом инсталляторе? Если в чем-то другом, то есть вероятность, что не правильно разбили. Есть свои нюансы и есть вероятность, что они могут в вашем конкретном случае влиять на производительность.

"Говорят то что если один жесткий диск разбить на 2 раздела то система должна работать быстрее"

Насчет "быстрее" не очень то в курсе за винду, может быть. Но вот что это стоит делать для хранения всех своих данных (но не установки программ) не на системном разделе - это да.

"на 2-ой диск все стороннее програмное обеспечение"

Я конечно могу ошибаться, тем более что с виндой уже достаточно лет не имею дела, однако с чего Вы решили ставить софт на другой раздел? Резона в перспективе восстановления функциональности установленных программ после переустановки винды - не особо то много. Насчет безопасности системы - не вижу никакого резона. Насчет производительности - как-раз она может замедляться - любое достаточно большое приложение использует библиотеки, находящиеся на системном разделе т. е. идет периодическое обращение то к одному то к другому разделам. Смысл?

"В чем может быть проблема и как ее можно решить? "

Да в чем угодно. Может драйвера какие-нибудь криво встали, может причина указанная выше, может что еще.

возможно кривую сборку установил

Проги надо ставить в раздел с Осью