После обновления конфигурации УНФ до последней версии у номеров счетов появился префикс в виде 00ГК-. Как его отключить?

Префиксы - это служебные идентификаторы информационной базы, организации пользователя. На печать они не выводятся и нужны для внутренних целей программы.
При обновлении программы префикс меняться не должен. Скорее всего у вас при обновлении был какой-то сбой и пришлось восстанавливать базу из архива - в этом случае префикс действительно может измениться, т. к. система воспринимает такую базу как другую, что и отражается в префиксе.

Удалить или изменить префикс в УНФ можно в нескольких местах.
1. "Компания" > "Ещё больше возможностей" > "Интеграция с другими программами" > "Синхронизация с другими программами 1С Предприятия и РИБ"
2. В настройках формы карточки организации включить отображение префикса и кода базы. "Еще" > "Изменить форму".

Но, если вы не представляется последствия, к которым это может привести, то делать это я бы не советовал.
Например, нумерация документов начнется "с нуля", но это цветочки и легко исправить.

Группа компаний "Онлайн",
Официальный партнер фирмы "1С" с 1995 г.
Онлайн-сопровождение и удаленное обслуживание 1С по всей РФ.
online-ufa.ru

без изменения конфигурации отключить полностью данную функцию нельзя
это формат нумерации, заложенный в типовую конфигурацию
максимум, что можете сделать - это обнулить 00ГК до 0000, но полностью избавится от этих цифр не сможете + при изменении префикса нумерация документов начнется с нуля
подробнее можно почитать тут
http:// online-ufa.ru/content/articles/prefix-1c/