Как убрать выбор винды при загрузке?

Потому, что меню содержится в загрузчике на C:. Дополнительные параметры системы -> Загрузка и восстановление. Там можно будет отключить показ меню.

А если бы С: не форматировал, а удалил, то и запись о том что на Д: есть ОС тоже пропала-бы... это на будущее: всегда удаляй системный раздел, а не просто форматируй его. Отредактировать msconfig - нормальное решение.

В msconfig удали ненужную

Запустить msconfig и удалить "лишние" варианты

msconfig

win+R - msconfig - загрузка - таймаут 0 секунд поставь, или удали лишнюю запись, но не перепутай их.

Значит плохо почистил, или в BIOS стоит два варианта.

Ну потому, например, что форматирование тома тут не при чем.

На виртухальном диске, куда ты ставишь систему хранится её запускалка. Форматнёшь раздел с запускалкой - не будет запускалки, а запись с конфигурацией и путём к ней остаётся.
На физическом диске в его корне хранится BCD - список этих систем, из которых меню выбора узнаёт какие системы есть и предлагает выбор чё запускать.

Некоторые системы (например линуксы без граба, как PhoenixOS) в мсконфиге тупо не видны, т.к они не виндузовые.

Выткни из компа флешки, скачай Bootice, в нём вкладка BCD сверху и кнопка Easy mode.
Там нажимаешь на ненужную систему и жмёшь Del.
Перезагружаешься, бутменю вообще не будет показываться потому, что в BCD только одна система - будет сразу грузить нужную без вопросов.

Можно сделать, единственное нажми Win+R и уже туда пиши msconfig, далее по инструкции. Тут написано https://remontcompa.ru/windows/windows-10/393-kak-ubrat-pri-zagruzke-vybor-sistemy.html