Помогите практическим советом по конвертированию файловой системы в NTFS

нет никаких камней, только не выключать во время конвертации компьютер и не
прерывать. Ну и на всякий случай важные данные перенесите на другой диск
Преобразование файловой системы FAT32 в NTFS без потери данных можно выполнить и штатными средствами операционной системы, используя утилиту convert.exe (File System Conversion Utility): нажмите Пуск –> Выполнить… –> Запуск программы –> cmd –> OK. Запустится командный интерпретатор cmd.exe.
После приглашения системы C:\Documents and Settings\Имя_пользователя> надо ввести команду
CONVERT том: /FS:NTFS [/NoSecurity] [/X]

здесь:
том – определяет букву диска (с последующим двоеточием) ;
/FS:NTFS – конечная файловая система: NTFS;
/NoSecurity – параметры безопасности для преобразуемых файлов и папок будут доступны для изменения всем;
/X – принудительное снятие этого тома (если он был подключен) . Все открытые дескрипторы этого тома станут недопустимыми.

Например, если требуется конвертировать диск C:, то нужно ввести
CONVERT C: /FS:NTFS /NoSecurity /X

Ну или программками типо
Partition magic
Acronis Disk Director

В командной -строке пишем (convert буква_диска: /fs:ntfs) и как примерный User говорить ДА

возьми любой нормальный установочный диск виндовс, потом начни установку а когда отформатирует отмени ее.

рекомендую для такого рода работы использовать программу Acronis Disk Director.
Она позволяет разбивать диски, переразбивать, задавать метки, изменять размеры разделов на дисках, КОНВЕРТИРОВАТЬ из FAT в NTFS и наоборот!! !

всё понятно визуально.