PHP & MySQL Помогите разобраться, как это решать. У меня голова уже опухла.

можно разделить на отдельные таблицы father и mother, тогда получится три таблицы, при этом у usera в таблице будут колонки father_id и mother_id...
Хотя, многое зависит от того, будут ли эти данные как-то еще использоваться.
Так как данные отцов и матерей неизменные для детей, то можно было это все свести в одну таблицу.

Таблица «Человек» у него есть понятно поле ID и поле отец и мать. Так как на западе разрешено уже не учитывать пол, то можно в матери и отцы выбрать кого угодно :)
Так что вносите в поле отец и мать любые два существующих человека. Все хранится в одной таблице. Но что делать для 1 записи? Если ограничение поставить, что нельзя сохранить запись с пустыми отец и мать. Видно null надо для этих полей, вдруг нашли тебя :) так что без отца и матери...а точнее два null - отец и мать твой БОГ.
Прикол потом при изменениях, если я возьму и укажу у A что отец B а у B что отец A :) тут триггер ставить надо.

Ты слишком заморочился:
User:
name: str
mother_id fk(User)
father_id fk(User)
вот и все.

Либо если нужно больше родственных связей то:
User:
name

UserRelative:
user_from_id -> fk(User)
user_to_id -> fk(User)
relation_type: Enum (father, mother, sister, brother)

1 табл. id, users
2 табл. id, mother, father, childrens

> 1 табл
77 Alex Rofl
88, Kenny Star
99, Armen Armenov
100, Max Armenov

> 2 табл
1, мать1, отец1, Alex Rofl
2, мать2, null, Kenny Star
3, мать3, отец3, Armen Armenov,Max Armenov

на выходе получаем id у 2 таблицы как ячейку семи общества