Зарядка заряжает только две батарейки. Можно ли заряжать одновременно 2 батарейки разной ёмкости?

Можно. Только это не очень удобно. Аккумулятор меньшей емкости зарядится быстрее и его надо будет вовремя отключить (иначе перезаряд, что не есть гут..) . И имейте в виду, что емкость аккумулятора (ну та которая на нем написана) очень редко соответствует реальной емкости (реальная всегда меньше) . Реальная емкость зависит от многих факторов. . Фирмы производителя, температуры, колличества отработанных циклов (заряд-разряд) и др. факторов. Т. е. может случиться так, что аккумулятор на котором написано 1200мА/ч будет иметь меньшую реальную емкость, чем тот на котором написано допустим 700мА/ч. Просто потому, что он уже "старый". Для правильного заряда нужно знать реальную емкость ак-ра на сегодняшний день. Иначе Вы только ускорите его КОНЧИНУ. . Наиболее точно реальная емкость определяется ОПЫТНЫМ ПУТЕМ.

Если канал зарадя обоих аккумуляторов один, то нельзя, об этом в инструкции к З/У указано.

Зависит от схемы зарядки. Некоторые могут, некоторые - нет. Одной емкости разных фирм, впрочем, всегда можно. Строго говоря, не очень желательно - разные фирмы по-разному надувают с емкостью, но разница не очень велика.

вообще правильная зарядка батарей разной емкости последовательное их соединение--а одинаковой возможно параллельное при одинаковом их состоянии--

Зависит от схемы зарядки. Если с раздельными каналами и автоматическим отключением (по заданному напряжению или т-ре, а не простой таймер) -тогда можно.
Если зарядка обычная -тогда не стоит. Либо будете недозаряжать аккум большей емкости, либо перезаряжать меньшей. И то и другое плохо. Более того. Одновременно использовать аккумуляторы разных типов и емкости-не рекомендуется.

Нет, нельзя. Заряжать можно толко одинаковые акк-ры одной марки