Питание 12В и 3,3В

Чего ж тут непонятного? Все напряжения измеряются относительно ОБЩЕГО провода (GND). И управляющие, и выходные. На то он и ОБЩИЙ. Ес-сно, общие провода источников ПРИДЁТСЯ соединить. Иначе либо управление будет идти по одному проводу (как?) , либо к нагрузке будет подаваться только один провод силового источника (и какой тогда смысл?) .

Другое дело, если между управляющими цепями (питающимися от +5 В) и нагрузкой (питающейся от +12 В) присутствует гальваническая развязка (оптроны, реле) . Тогда и земля (общий провод) должны быть гальванически развязаны, т. е каждый GND должен подаваться на свою часть схемы.

Впрочем, о гальванической развязке в вопросе ни полслова. Значит, как я понял, от +5 В (в самом вопросе почему-то +3,3 В) питается контроллер, а от +12 В - непосредственно подключенные к нему ключи нагрузки. И как в таком случае обойтись БЕЗ соединения проводов GND источников, я просто ПРЕДСТАВИТЬ себе не могу. Даже просто по человечески интересно - на какой GND автор вопроса предполагал цеплять эмиттеры ключей - на управляющий (и "подвесить" нагрузку на одном проводе) или на "силовой" (и управлять транзисторами относительно непонятно чего)?

Оба минуса вместе)))) ) Они же по плюсу питаются, вот если бы один источник был например -12 вольт, то тогда сложнее было бы.

подключай

В землю тогда зачем. Не нужна земля

Учти, оба БП должны быть без гальванической связи с сетью (трансформаторные) . Иначе пипец.