Как строят подземку линию метро под дном реки? В Питере метро точно под Невой проходит, вода может хлынуть

Отсасывают)

Водолазами

Это Вы не в ту категорию зашли. Это Вам надо спрашивать про технологию подземного строительства и проходку подземных тоннелей.
Можете ознакомиться с методами строительства тоннеля под Ла-Маншем. Там было нечто подобное.
Но вкратце для дилетанта ответ таков:
- Питерское метро одно из самых глубоких в мире и самое глубокое в СССР.
- Использовался целый комплекс методов по поводу того как временно остановить расползание грунта до момента застывания бетона.

Стоят ниже уровня воды, в плотных грунтах, кстати в Питере не менее боятся неустойчивых грунтов плывунов (проще ил, болотная жижа, в которой тоннели дают просадки), на которых стоит город, и что бы добраться до плотных грунтов метро строят очень глубоко - Питерское метро самое глубокое в мире, очень дорогое и поэтому Питер отстает от строительства метро от потребностей, но если не возможно обойти такие участки грунты вокруг тоннелей дополнительно укрепляют, на коротких участках тоннель просто устойчиво держится за счет прочности .(на момент строительства грунты замораживают) Но и после этого с водою постоянно борются: откачивают воду, борются с протечками. Была и крупная авария (на 9 лет останавливали движение) https://ru.wikipedia.org/wiki/Размыв_в_Петербургском_метрополитене те же проблемы есть и в других городах но если метро подходит на небольшой глубине - строят метромосты, в Питере, с глубоким заложением тоннелей, это делать труднее.

Это технологический процесс

В метро хлынуть может везде - не обязательно быть под руслом реки. В Москве например в районе Царицыно периодически заливает - хотя там сверху воды нет.

Замораживают, холодильными установками

В Питере метро самое глубокое в мире, поэтому вода не хлынет
https://www.youtube.com/watch?v=z_AtxPWdFZc