Может ли быть у трансформатора два независимых магнитопровода ?

Вполне: ступенчатое понижение (повышение) напряжения

Если обмотки только две, то связать их можно только одним магнитопроводом (любой формы). Второй просто некуда присобачить уже, да и незачем.
Если ты хочешь иметь два магнитопровода с разными полями и разными обмотками - то получишь просто два трансформатора.
Непонятно, что тебе нужно.

Смотря что вы имеете в виду. Один вариант в виде картинки с ШЛ-магнитопроводом вам предложили, формально 2 независимых магнитопровода есть, но. Как устройство они едины, ибо пронизываются полем первичной обмотки. Есть другой вариант - сварочный аппарат, в котором расстояние между сердечниками первички и вторички может быть не маленьким. Но и здесь это устройство остаётся единым.

"Не пытайтесь помочь идиотам. Не идите против естественного отбора"
Марк Твен

Если бы у бабушки был борода
то это была бы не бабушка а дедушка

Нет

Смотря что называть трансформатором...
например комплектное изделие ферорезонансный трансформатор имеет 3 независимых магнитопровода (вольтодобавочный трансформатор, ферорезонансный дроссель и согласовывающий трансформатор).
Или автотрансформатор с реакторным РПН имеет 3 независимых магнитопровода (автотрансформатор; вольтодобавочный трансформатор и реактор).

в трёхфазном даже три магнитопровода

Тебе надо к врачу сходить и выяснить, может быть ты железный, а то вон как тебя засосало!

Нарисуйте предполагаемую схему, ибо народу не понятен вопрос...

Да сколько угодно примеров, две катушки расположение рядом, индуктивное связанные это тебе трансформатор, дроссель аппаратуре иногда приходится закрывать экраном, избавляться от наводок, просто КПД таких устройств, а это понимают люди отягщенные интеллектом, очень низкий