Как от электролизера откачать по отдельным баллонам водород и кислород?

Расположи газозаборные воронки над каждым электродом. С положительного электрода будут подниматься пузырьки кислорода, с отрицательного - водорода. Позаботься, чтобы края заборников были под водой и не могли захватывать воздух.
Дальше пусть газы поступают в емкости. Изначально они заполнены воздухом при атмосферном давлении. Из каждой емкости выведи узкие трубки наружу. В емкости для водорода трубка должна располагаться снизу, а для кислорода - сверху. По мере поступления газов, они будут вытеснять воздух из емкостей. Все это происходит при атмосферном давлении.

Чтобы получить СЖАТЫЕ газы, их нужно забирать из емкостей по узким трубкам - либо в перерывах между сеансами электролиза, либо прямо во время них, но НЕ БЫСТРЕЕ, чем эти газы поступают в емкости. Сжимаешь их компрессорами и набиваешь в другие емкости - с прочными стенками.

Если же тебе нужен гремучий газ, то можешь не париться с раздельными емкостями. Просто пусть ОБА потока пузырьков вылетают в одну общую банку. Постепенно она окажется заполнена гремучим газом в идеальной пропорции.

оба газа не подарок и колхозить кустарные насососы... чёрта за бороду дергать...

Сделать газгольдеры, из полиэтиленового рукава к примеру, из которых уже периодически откачивать, когда заполнятся.

Про насос - это ты в точку, но вот когда сосать будет нечего, он начнёт высасывать электролит. Тут нужно огороды городить, одним насосиком не справиться.