Почему говорят 1000 километров а не 1 мегаметр?

В метрической системе единиц нет такой единицы.
Самой большой является километр (км) 1 км = 1000 м = 100 000 см = 1 000 000 мм.
Да и в условиях земного шара удобнее использовать тысячи километров...

Не прижилось. В советское время (когда ВСЁ было новым, и ВСЕ традиции хотелось обновить вместе со страной) были попытки ввести такое произношение, но как-то не прижилось. Дело в том, что с километрами по жизни приходится иметь дело чаще, чем с тысячами километров. Настолько чаще, что единица "километр" успела занять в обиходе столь же прочное положение, как и "метр". Поэтому, когда (сравнительно редко) приходится обсуждать более дальние расстояния, то легче выражать их все же километровыми единицами, чем метровыми.
По той же причине, по которой не применяют "пета-ангстремов", например.

Метр - вообще такая единица, которой в быту удобно пользоваться для измерения расстояний где-то от 3 метров и до 500. Меньше удобнее сантиметры, больше - колометры. Физики кидаются в крайности - у них то ангстремы, то астрономические единицы. А мегаметр никому не нужен просто...

Исторически подобные расстояния измерялись мерами, актуальными для передвижения пешком/на лошади. Такие расстояния не измерялись саженями или аршинами - а лигами, стадиями, верстами, милями и т. п. мерами. Типа - прошёл путь между верстовыми столбами - к пункту назначения приблизился. Километр - "синтетическая" мера, 1/40000 длины экватора, с поправкой на точность измерения в 19м веке. Сейчас эталон метра - спектральный, квантовой природы.

Людей, умеющих считать до тысячи, намного больше, чем людей, умеющих считать до миллиона

Ага, а 100 километров это 0.1 мегаметр.
Так проще. Приставки есть смысл использовать когда постоянно оперируешь большими или малыми числами. А тысячами километрами в быту редко оперируют, разве что когда смотришь на одометр. Другое дело мегагерц или пикофарад, когда с такими числами работаешь постоянно. Да и там, в приграничных значениях могут использовать разные приставки, например в документации может быть написано как 1200 МГц, так и 1,2 ГГц.

А почему на АКБ телефонов пишут 5000ма если можно просто 5а?

Когда компьютерные жесткие диски были объемом 40 мб, там тоже всё было в байтах и килобайтах, никто даже не думал про гигабайты и тем более терабайты.
Такие расстояния нигде не используются, длинна экватора всего 40 075 километров, использовать 400,075 мегаметров не очень удобно.

Попробуйте перейти на миллиметры и посмотреть, как вас будут понимать.

Так привычнее.

Нет расстояний которые было бы удобно на практике измерять в таких единицах. Что на Земле, что в космосе нужна большая точность.

Было бы логично. А. 100 мегаметров = 1 гигаметр. Но скорее всего из-за редкого использования таких расстояний. Ну кому нужен забор в мегаметр, или стена? Кто ездит часто так далеко?

Слова мегаметр нет в русском языке