Будут ли проблемы с постановкой на учет или получении ТО на мотоцикле с номером СБОКУ?

На постановку на учет точно не повлияет - Вы же только после регистрации номер получите. И техосмотр ни при чем, по крайней мере для незарегистрированного ТС - потому как сейчас сначала техосмотр (если ТС не новое) , потом оформление страховки ОСАГО и только потом постановка на учет.
А вот при езде, думаю, могут вменить - Ст. 12.2.,ч. 1. Управление ТС с нечитаемыми, нестандартными или установленными с нарушением требований государственного стандарта ГРЗ, кроме случаев, предусмотренных частью 2 настоящей статьи - предупреждение или штраф - 500 руб.
А требования госстандарта ГРЗ здесь - http://www.gib2d.ru/Normativnye-dokumenty/GOSTy_12-12.html
Ст. 12.2, ч. 2. - Управление ТС без ГРЗ, без установленных на предусмотренных для этого местах ГРЗ или ГРЗ оборудованы с применением материалов, препятствующих или затрудняющих их идентификацию (например, сетка) - штраф - 5000 руб. или лишение права управления ТС на срок от 1 до 3 мес. + изъятие ВУ. - думаю, можно оспорить, т. к. у Вас просто предусмотренное для номера место находится не по нашему госстандарту, но предусмотрено же!
ПС: Вот и думайте, куда номер крепить...

когда на учет будут ставить врятли заметят, а если так ездить - штраф 5000 или лишение.
Проблемы будут изза того что номер по госту должен быть по середине и читаться под соответствующими углами, а в данном члучае если он не будет читаться если стоять справа от мотоцикла. меня так чуть прав не лишили, но у меня номер под сиденьем висел=)