Почему японский язык стоит особняком?

1) причин, как всегда, много
2) пожалуй, важнейшая - географическая
3) вообще островные языки очень часто сильно отстоят от ближайших географических родственников (похожая картина и с горами) . посмотрите, например, в Европе на английский: к которому, вообще-то, немецкий генетически ближе, чем к шеведскому
4) с другой стороны, сказать, что японский такой уж изолят, пожалуй, нельзя
5) хотя последнее время резкой критике подвергается его возможное родство с алтайскими и, особенно, с корейским (который тоже очень себе особняком) , понятно, что он имеет с ними в том числе, генетические связи
6) скорее всего, уже достаточно отошедший от своих родственников алтайский язык наложился на мощнейший австронезийский субстрат местного населения японских островов. это привело, например, к кардинальной перестройке всей фонетики - они в японском "птичья", как и в папуасских языках ))) а вот грамматика в значительной степени устояла
7) впрочем, есть и теории сугубо южного (австронезийского) происхождения японского (а алтайский компонент, это наложившийся сверху адстрат) .
8) и вообще вычленение отдельной группы языков (рюкюские и пуёские) из которых только японский и выжил
9) в общем, одна из основных причин: длительная изоляция (в силу географического положения, но не только)
10) ну а уж к китайскому японский никогда не имел вообще никакого отношения

Особняком от чего. От европейских языков - да. А вот от китайского не очень. И, вообще, он просто по другому построен.