Помогите разобраться с визой в Португалию!

Португальскую, конечно.
Подтверждением правомерности въезда для консульства Португалии и пограничников во Франкфурте послужат авиабилеты с полным маршрутом. Первые поймут, что в Германии вы не останавливались и вообще могли бы не выходить из тарнзитной зоны, если бы второй рейс не был внутренним.
Вторым достаточно того, что вы летите дальше не через неделю, а через несколько часов.

Виза Вам действительно нужна португальская. На паспортном контроле в Германии Вас, разумеется, спросят, увидев португальскую визу, куда Вы едете? Но у Вас же есть билет на рейс Франкфурт-Лиссабон и бронь отелей в Португалии, так что тут без проблем. Те же билеты, из которых совершенно ясно, что Вы летите в Португалию транзитом через Германию, вполне удовлетворят и португальское консульство.
В Португалию Вы прибудете вообще внутриевропейским рейсом и паспортный контроль проходить не будете. Так что в паспорте у Вас на португальской визе будет стоять немецкий штамп, т. е. никаких отметок о том, что Вы пересекали португальскую границу у Вас не будет. Это нормально. Проблемы возникнуть могут только когда Вы в следующий раз обратитесь за португальской визой. С Вас имеют прав потребовать документальное подтверждение того факта, что по прошлой визе Вы в Португалии всё же были. Таковыми документами являются авиабилеты из Германии в Португалию и обратно (если выезжать тоже будет через Германию) и счета из португальских отелей, где Вы проживали. Эти документы стоит сохранить.

Так что никаких проблем, езжайте спокойно.

Какую проще, такую и делайте. Будет немецкая - погашена будет при въезде в Германию и все проо Вас забудут. Будет португальская - погасят опять в Германии, но Вам придется сохранить чеки об оплате отеля в Португалии, чтоб подтвердить, что большую часть времени Вы провели именно в Португалии, билеты тоже сохраните.