В какую страну подавать на визу????

Были случаи когда немцы отправляли назад пассажиров которые прилетают не с немецкой визой, почитайте на сайте аэрофлота есть предупреждение.

Требования иммиграционных властей Германии к пассажирам:

Пассажиры, следующие в ФРГ, должны иметь действительный паспорт с обязательным наличием подписи владельца.
Для граждан визовых стран въезд в ФРГ возможен по однократной визе, выданной только посольством Германии. Пассажиры с однократными визами, выданными посольствами других шенгенских стран, не допускаются на территорию ФРГ и могут быть депортированы. При наличии многократной визы первый въезд должен быть совершен в страну, выдавшую визу. После этого пассажиры с многократными визами могут въезжать на территорию любых стран шенгенской зоны.

1. Вот что по этому поводу думают сами немцы (цитата с сайта посольства Германии) :
Въезд в Германию по шенгенской визе, выданной другим государством Шенгенской зоны, не является автоматически недопустимым. Однако, если Федеральная полиция Германии в ходе пограничного контроля выяснит, что цель поездки находится не на территории государства, выдавшего визу, а в Германии, то лицу, совершающему поездку, могут отказать во въезде, т. к. в этом случае следовало оформить визу в германском зарубежном представительстве. Т. е. в Мюнхене (а там самые противные пограничники в Германии) с чешской визой Вас могут элементарно завернуть, да ещё и визу аннулировать.
2. Не морочьте себе и другим голову. Запрашивайте немецкую визу, это ничуть не сложнее.

Если чехи дадут визу, то открыть Вы ее можете в Германии, просто потом, чтобы избежать проблем с получением визы в дальнейшем, Вам все надо будет слетать в Чехию и пробыть там большее время, чем в Германии

Я бы не рисковала проходить границу с Германией по чешской визе, или вам долго придется убеждать пограничников, что из Мюнхена вы направитесь прямиком в Чехию. Но решение о пересечении вами грницы все равно останется на усмотрение пограничника. Немцы сейчас довольно быстро делают визы, у нас в Москве - 4-5 раб. дней (только во вторник сдавали доки в Посольство) и к документам не придираются.

Чехи дают шенгенскую визу, которая работает и в Гервании и в Голландии, я думаю, что это наилучший вариант.