Как правильно оформить Шенген? В Болгарии на 3 дня останавливаюсь (отдыхаю), далее на три дня в Берлин и далее в МСК.

Достаточно получить визу в любую страну шенгенской зоны. Это дает право находиться в шенгенской зоне не покидая ее до 90 календарных дней. Правильней всего получить визу в ту страну в которую вы приедете первой, тогда не будет никаких лишних вопросов. Но в принципе это не обязательно. При этом вы можете свободно перемещаться по странам шенгенской зоны без ограничений.

Есди шенген не открыт, т. е. в странах Шенгена ты не был, в Болгарию не пустят. По одноразовой - тоже. Нужна открытая мультивиза.
Так что либо меняй маршрут и оставляй Болгарию на конец путешествия, либо получай болгарскую визу и немецкую визу.

А нет тут никакого «правильно». Если у Вас поездка из стран шенгенский зоны только в Германию, то в немецкое консульство и надо идти за визой. И надеяться, что вдруг они по доброте душевной дадут мульти на сроки, включающие Ваши планы по Болгарии. Если дадут однократную под даты, значит, после этого надо будет идти с паспортом уже к Болгарам и просить отдельно их визу на три дня.

Любая шенгенская виза дает право ехать в Болгарию. Как и в Германию. Поэтому лучше немецкое посольство

В Болгарию можно вьезжать по болгарской или шенгенской МНОГОКРАТНОЙ визе.
Сама Болгария шенгенских виз не выдает.

по вашему вопросу вы ещё не можете сказать какая виза будет у вас немецкая одноразовая или мульти, да конечно в болгарию можно вьехать по шенгену но открывать они не могут, да и если вы выедете из германии, по визе вас в болгарию впустят только по нац визе так что получается так

А что мешает сделать немецкую визу на 3 дня раньше? Делайте с 10 и поезжайте сначала в Болгарию, а потом в Германию

В Болгарии не шенген, а национальная виза. Оформлять однозначно немецкую. По ней можно в Болгарию
Наоборот нельзя

Лучше подстраховаться и сначала получить национальную визу Болгарии, затем немецкий Шенген. Потому что никто не даёт гарантии, что немцы откроют вам визу на 3 дня раньше, чем предполагается ваша поездка в Германию. Болгария делает визу 5 рабочих дней, Германия обычно от 3 до 10 дней. Если времени мало, можно рискнуть и сразу податься в немецкое консульство, но при этом приложить слёзное письмо, что хотите получить визу на 3 дня раньше, потому что планируете ехать в Болгарию (в которую пускают по шенгенским визам) . Письмо пишется на английском или немецком, но, опять же, не факт, что эту вашу просьбу учтет консульский работник, который будет рассматривать ваше заявление.