Будет ли действовать биометрический загранник, если я получу сейчас на 5 лет?

Не будет действовать.
Вторым в дополнение может быть только паспорт на 10 лет.
Если на 5 лет получите - имеющийся аннулируют при получении.

Если вам сегодня билеты покупать надо - ознакомьтесь с условиями смены паспортных данных.

У некоторых авиакомпаний это бесплатно. Тогда нет проблем, просто поменяете номер паспорта после получения нового.

Если платно - узнайте, сколько? Возможно выгоднее будет купить билеты позже, с готовым паспортом. Даже если они немного подорожают.

Останется, но действовать не будет. Второй паспорт в дополнение к имеющемуся может быть только биометрическмй. Поэтому старый паспорт аннулируют.
А зачем он вам, если заканчивается? Все равно по нему уже никуда не поедете.

Если вы получите новый заграничный паспорт на 5 лет до истечения срока действия текущего паспорта на 10 лет, то ваш биометрический паспорт все еще будет действителен до окончания его срока действия на 10 лет.

Однако, если вы решите не продлевать ваш текущий паспорт на 10 лет и получите новый паспорт на 5 лет, то ваш биометрический паспорт будет аннулирован и больше не будет действителен.

Пожалуйста, убедитесь, что вы правильно понимаете требования для въезда в Египет и имеете достаточный срок действия паспорта для поездки, чтобы избежать проблем при пересечении границы.

При оформлении заявки на загранпаспорт на госуслугах есть вариант:
а) взамен старого,
б) в дополнение к действующему.
Вам нужен вариант "б".