А как диплом выдаётся в институте? В него оценки списываются из зачётки или из ведомости?

Оценки в диплом выставляются из ведомости. Но накануне госэкзаменов зачётки и ведомости будут сверяться. И у Вас будут неприятности, если оценки в зачётке и ведомости не сходятся, вплоть до недопуска к госам. Это не относится к случаю, если преподаватель просто пометил, какого числа Вы не сдали или что-то ещё пометил (Это он Вас воспитывает) . Лишь бы оценки не разнились. Кстати, зачётку забывать не надо. Преподаватель не просто имеет право, а обязан не запускать Вас на экзамен без зачётки. Этот вредный не пустит точно.

выдается вкладыш с оценками, начиная с первого класса

Оценки в диплом идут из ведомости, зачетка не является документом как таковым. Ее конечно сверяют с ведомостью. Вам проще написать в деканате заявление о потере зачетной книжки и вам заведут дубликат, где не будет отметки этого преподавателя.

Зачетка это вообще не документ. Выдается студентам, чтобы знали, какие у них оценки. Самое главное - ведомость.

из ведомости

вместе с дипломом идет приложение, в котором оценки. Оценки выписываются из ведомости. Если забудешь зачетку, то есть шанс, что препод не допустит до экзамена. Он же должен видеть, что ты допущена до экзаменов. В деканат зайди и скажи, че за фигню он рисует в зачетке. в смысле лишние записи делает.

конечно из ведомости.

Автор, что в итоге? Как закончили вуз? И закончили ли?