обьясните - ,конкурс на факультет,,..

нет. так сказать, "топ-100" - это вообще глупости.
итак, мы имеем 200 человек на популярной специальности. из всех них будет выбрано ровно 50, т. е. столько, сколько бюджетных мест. причем как именно выбрано - это будут те люди, у которых больше всего баллов на ЕГЭ или льготы на поступление (сирота и др. )
на непопулярной специальности (если мы берем в расчет то, что там именно 50 бюджетных мест) пройдут ВСЕ 50, которые подали туда документы.
вот Вам яркий пример. на механико-математическом факультете в нашем ВУЗе есть 2 специальности - прикладная информатика в экономике (ПИвЭ) и механика (в принципе, специальностей больше, но нас инетересуют именно эти две) . так вышло, что ПИвЭ, из-за вступительных экзаменов, становится очень популярной, до 2000 человек на 20 мест. приемная комиссия даже негласно поднимает планку - не брать тех, у кого меньше 230 баллов в сумме за 3 ЕГЭ. тогда как на механике - тишина. туда подали документы всего 25 человек, из них те, у которых больше баллов, попадают в бюджетные 20 мест. проходным баллом там был 121. и никуда эта специальность не пропала, обучение по ней до сих пор идет, и набор в этом году тоже есть, а эта ситуация, которую я Вам описала, была в позапрошлом году.

Уточните в приемной комиссии

на факультете помимо бюджетников учатся еще и платники, за счет них все и держится. если наберется необходимое количество платников на непопулярную специальность, то ее оставят. если необходимого количества народа не будет, то в этом учебном году специальность не откроют.
но более точную информацию Вам даст приемная комиссия.