Стоит ли переводиться на другое направление при переходе в магистратуру ?

Разницы не надо сдавать, надо сдать встуительные.

Ну, во-первых, никакого "перехода в магистратуру" не существует. По окончании бакалавриата вас отчисляют, и вы идете в свободное плавание.
Желающие поступать в магистратуру должны подавать документы в приемную комиссию, как абитуриенты, и сдавать вступительные экзамены. Центральный экзамен - по специальности, по программе бакалавриата.
Несмотря на то, что специальности близкие, разница в программах имеется, поэтому с этим экзаменом могут быть проблемы.
Во-вторых, обучение в магистратуре базируется на знаниях, полученных в бакалавриате, и расширяет и углубляет их. Что будет расширять и углублять "чужой" магистрант?
В-третьих, магистратура существенно ориентирована на занятия наукой. За 1,5-2 года магистратуры нужно определиться с темой магистерской диссертации, написать ее и защитить. В состоянии ли выполнить такую работу "чужой" магистрант?
Наконец, "чужая" магистратура ни в коем случае не является вторым высшим образованием. Даже в фантастическом случае окончания "чужой" магистратуры, соответствующий магистр, фактически, будет ни то, ни сё: и не магистр по своему направлению, и не бакалавр по "чужому". Полноценно работать, как магистр-аналитик, ни по одному из оконченных направлений он не сможет.
Вывод: идти в "чужую" магистратуру категорически не следует.
Если хочется получить другую специальность, то стоит, как можно скорее, перевестись на нее, сдав академразницу.

Определись по вакансиям в твоем регионе...

Магистратура не даст второго образования, она короче бакалавриата, не успеть. Вы сможете только стать продвинутым маетриаловедом в области химии. Что наверное не плохо- знать ту же химическую коррозию полимеров, очень серьезное направление сейчас. Возьмите тот же декенг- террасную доску.