ПРи подаче на национальную немецкую визу-2 паспорт изымается??или остается на руках?

загранпаспорт изымается конечно - визу-то туда будут клеить.
А гражданский паспорт ваш там никому не нужен - ксерокопию может разве что...

я плохо поняла что вы хотите.. и что такое виза 2...хочу просто дать совет.. я вышла замуж и сама училась на своей неграммотности.. если вы вышли замуж или выходите за немца.. вы будете жить по загран паспорту.. а чтобы стать на консульский учет вашей страныв германии вам нужно выписаться из страны.. тогда у вас изымут обычный паспорт и в загран напушут выехала на пмж
на территорию германии.. а пмж в германии вам будучи женой немца дадут только через 3 года.. а пока вы только выходите замуж как я поняла.. у вас остануться все ваши документы.. хотела добавить.. я встала на консульский учет тк моему сыну нужен был паспорт тк ему исполнялось 18 лет.. и зачем становиться?... чтоб делать через консульство вашей страны все документы какие вы хотите и если вы буде принимать в будущем немецкое гражданство... если вам это не нужно.. вы можете не становиться на консульский учет и оставить все свои документы .выезд из страны на пмж в германию длится около 8 месяцев.. я делала это уже живя в германии. вы также можете сделать это и через консульсво подав необходимые документы тогда это будут примерно год.... никто это не котролируюет где вы живете

Поточнее надо описывать ситуацию. Какой паспорт у вас изымают? если у вас гражданство россии, то с каким тогда документом вы жить будете?
Вам лучше зайти на форум germany.ru и там почитать ответы и советы от ваших сотоварищей по проблеме