Если я лечу транзитом в Испанию, с пересадкой во Франции..

Ежели у Вас шенгенская виза, то выпустят без проблем. Максимум, что может случиться, так это спросят, чего это Вы по испанской визе, да прямиком во Францию. Но у Вас же билет будет, в котором отражен факт пересадки и последующего следования в Испанию. Так что всё в норме.
Проблема только в том, что в этом случае в паспорте у Вас будет французский штамп о въезде во Францию, а потому при следующем запросе испанской визы с Вас имеют право потребовать документальное подтверждение факта Вашего пребывания в Испании. Таковыми документами могут быть, например, счета из испанских отелей. Так что лучше об этом позаботится заранее.

P.S. Франкфурт, помниться, всё-ж в Германии находится...

Франкфурт - это Германия)

После прхождения паспортного контроля идите на все четыре стороны. Раз рейс стыковочный, то внутри Европы это уже будет доместик, поэтому вам никак не миновать паспортного контроля и перехода в терминал внутренних, а не международных вылетов.

по личному опыту:
1. выпустят, потому как виза в эти страны нужна одна - шенгенская.
2. мало того что выпустят, так и штамп о въезде-выезде в шенген вы (с вероятностью 99,9%) получите именно в аэропортах Франции и Бельгии

Франкфурт вроде как в Германии был

Франкфурт это междунродный аэропорт Германии, причем тут Франция!

не выпустят....

Я летела на Майорку через Цюрих - не выпускали. Правда пересадка была часа 2.Виза была годовая, это был не первый выезд по данной визе.