Испанская виза

Визовый центр уже дал вам ответ на ваш вопрос, эта информация из первоисточника, а не от агентства, поэтому полагаться нужно именно на сведения из визового центра.
У меня много виз, которые открывались не через страну, выдавшую визу, именно по причине дешевизны билетов через стыковочные аэропорты (Париж через Ригу, Брюссель тоже через Ригу, Амстердам через Дюссельдорф и т. д.) , проблем не было ни разу.

Сохраняйте пдтверждение брони отеля или ваучера. Этого достаточно. Вот я лечу во Францию, а штампы будут австрийские и немецкие ( транзит) . Сделаю копию ваучера на отель и проблем не будет в следующий раз.

Обычная практика - турагенство просто перестраховывается. А вдруг отказ - это ж куча проблем. Поэтому требования у них жестче и порой глупее. Кто там турагент? девочка из соседнего дома, у нее есть задание - собрать документы, а если что-то она упустит и это приведет к убыткам (т. е. вы не поедете) - то под угрозой ее премия ( если не место работы) и посему вникать в особенности выдачи виз у нее нет никакого желания. Так что этому удивляться не стоит.
Просто подкладываешь в пакет документов копии испанских билетов и отдаешь. Поверь. в визовом центре работают более вменяемые люди, чем принято считать. Если ж агентство встанет на дыбки - получай визу сама. Вдруг понравиться - и на что тогда тебе эти агентства.