В каком городе лучше остановиться - в Праге или Карловых Варах, чтоб съездить и в Австрию, и в Швейцарию?

Ни в одном из упомянутых. Прага, конечно, ближе к Австрии, но даже до Вены ехать никак не меньше 4-4,5 часов в одну сторону по дорогам среднего качества. Толком посмотреть не успеете даже центр Вены внутри Ринга.
Про другие города Австрии, не говоря уж о Швейцарии, и говорить нечего.

Из Карловых Вар всё ещё дальше и дольше.

Мюнхен в этом плане действительно гораздо лучше, да и транспортное сообщение из него до нужных Вам стран лучше намного.

в бухаресте
оттуда лучше всего по бенелюксу экчкурсию организовывать.)

Прага.

Но в Швейцарию из Чехии нет экскурсий. Да и далековато получится...

в Вене

Из Праги до Цюриха 700 км, в лучшем случае 7 часов в дороге. В чем я сильно сомневаюсь, т. к. через Швейцарию и Австрию сейчас все к морю едут... Конечно ваше дело, но не выгоднее ли сначала в Прагу, а потом самостоятельно в Австрию, потом в Швейцарию и оттуда на самолете домой...

Из Праги вы съездите на 1 день в Вену (галопом по Европам ).
4 часа туда - 4 часа обратно и на знакомство с историческим центром 4 часа!!!
Совет: езжайте просто в Прагу))).

Прага. Будет во-первых ближе ехать, да и сам город посмотрите, он намного красивее, чем Карловы Вары.

В Мюнхене - именно он находиться в центре желаемого
Из Мюнхена за пару часов можно побывать и в Австрии и в Швейцарии в районе Боденского озера
А потом, на следующий день, можно будет и заглянуть в Карловы Вары на Байерн тикете

Прага, я считаю, самый лучший вариант

Тебе лучше в Анадырь, с персональным гидом на оленях без навигации.)

Прага - город одного посещения. А Вена - сказка, можно принять решение, удобное для Вас.