Буду пересекать границу Россия - Эстония с шенгенской визой полученной для Испании . Могут ли возникнуть проблемы ?

Если шенгенская виза получена для посещения Испании, а в самой Испании Вы бывать не предполагаете, то могут возникнуть проблемы с получением последующих шенгенских виз.
При пересечении границы Эстонии из РФ пограничные стражники вправе осведомится о планах поездки и подтверждающими её документами, как-то брони гостиниц, билеты на транспорт, действующие медицинские страховки и достаточные для поездки финансовые средства. Если начнёте "путаться в показаниях", хитрить, юлить или нагло врать, то можете быть развёрнутыми на 180 градусов уже на эстонской границе.
Отвечайте на заданные вопросы чётко и обстоятельно, по возможности правдиво, имейте все документальные доказательства на руках, а не на дне чемодана, и не в коем случае не "давите" на пограничников, будьте вежливы и доброжелательны.

Если едете проездом в Испанию, то никаких проблем. Просто могут спросить, почему так мудрено добираетесь. Могут также спросить бумаги отеля в Испании и обратный билет. Если же едете именно в Эстонию, а виза не обкатана в Испании, то тут трудно предсказать их решение. Могут просто подгадить, а могут на все глаза закрыть. Тут уж на кого попадете.

Если виза многократная, и вы уже были в Испании, то должны пустить без проблем.
Если в Испании до этого не были, то уже сложнее, но всё равно шансы проехать велики. Но в Испании придётся побывать позже.

Могут попросить распечатку обратного билета или бронь отеля той страны, в которую Вы едете.

Нет

Нет.