Почему многие авиа сайты выдают билеты с пересадками? Причём на малые расстояния, зачем ?

Потому что так устроен поисковик. Он показывает вам все возможные варианты, как можно добраться из точки А в точку В в конкретные даты. Вот и все. Остальное - частности. Если вам нужны только определенные варианты, например только прямые рейсы, или только рейсы, вылетающие утром, или только рейсы, вылетающие из конкретного аэропорта, или еще что - это все есть в настройках поиска, надо уметь ими пользоваться.

Очевидно, прямых самолётов нет!

Причин минимум две:

1. Попросту нет прямых рейсов (вообще или на заданную дату) между этими городами.
2. Рейс с пересадкой дешевле прямого, а варианты по умолчанию сортируются по цене.

Если вы хотите видеть только прямые рейсы - то поставьте сооветсвующую галочку в опциях поиска.

Выдает то что установили в поиске, в фильтре. Установили "дешевые билеты" и выдает дешевые. Или по определению - чаще всего ищут дешевые

За тем, что некоторым важно не только время в пути, но и цена вопроса. Сегодня могут быть дешевые билеты на прямой рейс, а завтра - уже нет или, может, на прямой рейс билеты без багажа и т. д. и т. п. Плюс ситуация с ценами меняется ежедневно.
Задача поисковика - показать все возможные варианты полёта из пункта А в пункт В, а человек сам волен делать выбор как ему лететь и за какие деньги.
Не нужно решать за других. Каждый ведь по-своему мыслит, да и ситуации в жизни бывают самые разные и, порой, труднопредсказуемые.
К примеру, человеку может быть важно не только время в пути и стоимость перелета, но и вылет/прилет в определенное время.

Не нравится видеть в выдаче перелеты с пересадками, когда полно прямых рейсов? Ну так отключите соответствующую опцию в настройках и будете видеть только прямые рейсы. В чём проблема-то?

Потому что некоторым НАДО!
Механизм поисковика универсален.
Обычно количество пересадок ограничено 2 .
Можно отключить и видеть только с одной пересадкой и прямые либо только прямые.
Сам любитель летать "кривыми" маршрутами - еще люблю разные типы самолетов смотреть и разные авиакомпании. и чтоб пересадки были длинные - чтоб можно было лишний город по пути посмотреть. Так познакомился с Женевой, Цюрихом, Берлином, Франкфуртом, Римом - а потом в те же города порой прилетал уже специально.

Зачем, не знаю, но часто это бывает гораздо дешевле прямых рейсов. Сама часто их покупаю. Главное здесь выбрать удачное время пересадки - либо небольшое, чтобы не маяться в аэропорту, либо с большим временем пересадки, чтобы иметь возможность съездить в город и приятно провести там время.

Почему есть перелеты с пересадками - это несложно, невыгодно пускать прямой рейс ради десятка человек. В крупном городе (аэропорте-хабе) к ним добавятся еще 80 и самолет загрузится.
Формируются стыковочные рейсы случайным образом, есть две точки и десятки вариантов, как между ними добраться. Конечно, часть из вариантов получается маразматических (дорогих, длинных).
Вопрос как отсеять маразм и надо ли это делать. Может быть кому-то сильно нужно попасть в определенное время в конечную точку. Кто-то копит мили на любимом перевозчике... мало ли что в голову клиенту взбредет! Поэтому вроде бы тупые варианты маршрутов просто не отсеиваются и радуют нас своим разнообразием.