Туры через агентство выгоднее, чем у туроператора?)

У туроператора всегда будет дешевле.

По-разному бывает. В любом случае цены, большей, чем у туроператора (ТО) нормальные турагентства (ТА) никогда не выставляют.
Но надо понимать, что ТА может давать постоянному клиенту скидку, но поскольку сегодня ТО и турагентствам не дают скидку более 7-10%, то и скидка для Вас в любом случае будет невелика (2-5% максимум).
С другой стороны, сегодня многие ТО работают напрямую с физлицами и тоже дают скидку постоянным клиентам. Если Вы - в числе оных, то может оказаться, что Вам купить тур от Вашего ТО будет дешевле, чем обращаться в ТА, где Вы не являетесь постоянным клиентом.

Тур. агенства обычно дают скидку. А тур. операторы, как правило, нет

Что и где вы сравнивали? Сначала разберитесь что есть "агентство",а что "туроператор"))
Турагентства продают готовые туры, которые составляет никто иной как туроператор!
С чего у туроператора будет дешевле? В агентстве могут скидку дать, правда делают они это из своих процентов за продажу, чем больше скидка, тем меньше им пойдет в карман, но некоторые просто вынуждены их делать, поскольку конкуренция большая, считают уж лучше заработать хоть что-то, чем совсем ничего. Если покупать тур самому на официальном сайте ТО, то скидку вам никто не даст. Где и какие цены вы сравнивали вообще не понятно, во всех агентствах цены одинаковые и туры все бронируют с одних и тех же сайтов.

напрямую у операторов как правило выходит дороже

А нахрена они вообще нужны - агентства и операторы?
Самому намного интереснее и дешевле спланировать маршрут, выбрать и забронировать отели и билеты.
Всё это делается не вставая с дивана.

Агентства работают через туроператора. Но можно, если не очень ленивый, сформировать всю поездку самому, приобретя по инету места в отелях и необходимые билеты на транспорт...

Цену на тур устанавливает туроператор, сформировавший продукт. Турагентство свои цены не рисует, продает по цене туроператора, получая от последнего комиссию. Т. е. в теории цена у ТО и ТА одинаковая, по факту ТА может сделать скидку клиенту из своей комиссии, а может не сделать. Некоторые ТО тоже делают скидку физлицам, бронирующим напрямую. В любом случае разница в цене будет не существенная.

Тур. агенства обычно дают скидку. А тур. операторы, как правило, нет

Некоторые операторы дают скидку при оформлении у них на сайте в размере примерно 5%, у агентства некоторым туристам удается выклянчить бОльшую скидку.