Здравствуйте. Подскажите пожалуйста, есть ли на данный момент в РЖД разделение купе на женские и мужские?

Да. И уже давно есть эта услуга. Просто не все знают))

Не купе - вагоны.
Да, есть.

Да есть такие купе, надо оговаривать это заранее с кассиршей, она Вам подскажет

Женские купе имеются в поездах:
№ 3/4 Москва – Санкт-Петербург, № 1/2 Москва – Казань, № 25/26 Москва – Воронеж, № 19/20 Москва – Ростов, № 9/10 Самара – Москва (по одному вагону купе и СВ) , № 59/60 Горький – Санкт-Петербург, № 71/72 Москва – Белгород, № 99/100 Москва – Брянск (по одному вагону купе) .
Подробнее: http://www.travel.ru/news/2007/01/16/105353.html
Данные проблемы решаются проводниками превентивно и самостоятельно, в крайнем случае обратитесь к бригадиру, начальнику поезда.
Кроме того программа автоматизированной системы продажи билетов настроена так, чтобы конфликтов в пути было как можно меньше.

Есть. Можно купить билет в чисто женское купе (Ж) , чисто мужское купе (М) и смешанное купе (Ц) . Причем все три типа вполне могут быть в одном вагоне. Просто называете здесь дату и маршрут и я говорю вам номер поезда и вагон. Билеты приобретете сами посредством сайта РЖД.

А на самолёте не проще ?..За 5000 км. -то....)

Первый раз конечно слышу, но не помешала б такая услуга. Можете СВ взять, но дорого будет стоить

Есть отдельные вагоны с женскими купе. Интересоваться у кассира или по интернету

Первый раз слышу и вижу, на женские и мужские ?!?Может и есть, но точно не у нас ..