Хотим группой поехать на 3 дня В Санкт-Петербург из Москвы, просто отдохнуть и съездить на пару экскурссий, подскажите

На 3 дня проще нигде не заказывать, а собрать поездку самим.
Выделить несколько музеев для себя и походить по ним.
Ну, например, на 3 дня если бы я ехал, я бы обязательно побывал в Эрарте - это очень хороший музей современного искусства. Доводилось там бывать - даже для человека не увлеченного искусством очень интересный музей.
В Кунсткамере опять же довольно ничего так.
Ну и по Эмитажу пошляться, если открыт будет на то время.
А жить можно в хостеле каком-нить, так - вещи бросить и гулять.

В отличие от Москвы - центр Санкт Петербурга вполне пешеходный , от Казанского собора в три стороны на 2 километра все главные точки и находятся , прямо -СПАС-НА-КРОВИ . Русский музей и Марсово поле и Летний сад и Михайловский замок и Чижик -Пыжик и все это за час обойти можно , влево - троллейбус 10 минут до Исаакия и там Медный всадник и Новая Голландия и Манеж , потом через мост -Академия художеств и Сфинксы и далее Меншикова дворец и Кунсткамера и Зоологический и Стрелка и вернулись к Дворцовой площади и Эрмитаж . А если поехать на автобусе или троллейбусе вправо ( стоим спиной к нему ) от Казанского в сторону Московского вокзала и далее за него , то будет или Александро -Невская лавра или Смольный монастырь очень красивый , рядом там Музей воды и Таврический сад и Музей Суворова и Музей кофе и мемориал Шемякина репрессиям на берегу напротив Крестов

Кроме того стоит внимания и посещения Петропаловская крепость - метро Горьковская , дорога в пригород займет не больше часа = Пушкин - ехать лучше от метро Московская или от Купчино или на электричке от Витебского вокзала или того же Купчино и там еще ехать от вокзала до дворца нужно будет . Петергоф без фонтанов тоже красивый очень и ехать с Балтийского вокзала или с Ленинского проспекта или Автово , много транспорта едет .
В Павловск легко попасть - станция следующая после Царского села - он же Пушкин , Выборг - два часа дорога туда или обратно на автобусе или электричке .
Есть тематические экскурсии - допустим ПРАВОСЛАВНЫЕ храмы и посещают сразу много храмов или Литературные места в городе - очень полезные , с посещением музеев квартир и мест связанных с литературными героями из произведений , допустим , Дом Пиковой дамы и прочее ))

Юля! В Питере самое главное--переночевать--все остальное--вышел и любуйся городом, по пути просто заходите в музеи-парки-скверы и т. д. Кафе-где перекусить --великое множество! Если вы студенты--льготный вход в музеи!! ! До самого снега ходят речные трамвайчики--по рекам и каналам--1 час прогулки по каналу Грибоедова, Фонтанке и Неве--просто супер! на борту дают теплые одеяла, чтобы не замерзнуть--все с любовью!!! Обязательно поезжайте за город--Павловск--парк прямо с ж/д станцией, Ораниенбаум-Ломоносов--тоже парк совсем рядом, Пушкин--Царское село, Петергоф--может, еще фонтаны работают--на вебкамере сегодня видела.... И погода-то --не главное! Столько красоты увидите !!!

http://turist-spb.ru/accommodation/aleksa.html#room4

найдите жилье, билеты туда и обратно ...экскурсии тут купите, тут полно предложений ..сходите в музей сами (можно выбрать дни, когда вход бесплатный.. и в эти дни приехать)

http://peterburg2.ru/events/filter/37/

садовая 53.. в центре. все в шаговой доступности.. хотите авиобусн. экскурсия.. рядом гостинный двор метро полно предложений. в гостинице сам жил

а зачем заказывать поездку?)
просто выбрали гостиницу комфортную по цене и месторасположению (в центре города, в том числе около Московского вокзала есть отличные гостиницы) и посмотрите в интернете экскурсии по Питеру. Впрочем, на Невском проспекте (около Казанского собора) всегда предлагают разные автобусные экскурсии по городу, в том числе по рекам и каналам на водном трамвайчике или катере.
К тому же, Питер, в отличии от Москвы, компактен в части расположения достопримечательностей (если Вы хотите посмотреть исторический центр города).

за три дня отдохнуть точно не получится в Питере, только устанете больше, особенно в осеннюю погоду. Лучше это дело оставьте на лето и не менее недели.

Если сами организуете, намного дешевле выйдет booking.com - заказ отеля, транспорт думаю сами знаете где заказать. Скачайте обязательно навигатор на смартфон, а с экскурсиями по ходу дела разберетесь. Обязательно съездите в Пушкин, Павловск, ну и в центре полно экскурсий и по музеям и автобусных и речных!