Обязательно на договоре купли-продажи авто должна стоять печать комиссионного магазина,или достаточно подписей сторон?

Если договор составлен только между вами и продавцом-нафига вам печати магазина? Кстати договор может быть заключён без участия магазина и даже в устной форме! Сам лично один раз так машину покупал. Никаких претензий со стороны ГИБДД небыло.

Законодательство РФ допускает совершение гражданами сделок в простой письменной форме (в устной - до 1000р. согласно действующему сегодня закону) . "Простая письменная форма" не предполагает наличия в договоре каких-либо печатей (достаточно подписей сторон) , однако, в силу ряда причин, и продавцу и покупателю ВЫГОДНО осуществление передачи права собственности на вещь с привлечением комиссионера, при условии, конечно, что его вознаграждение приемлемо (не велико).

Сейчас комис. маг. вообще не нужен. Достаточно договора, даже устного. Вдвоём идёте в МРЭО и переоформляете.

Если хотя бы одной из сторон договора является юр. лицо, то письменная форма договора обязательна. Например, если Вы купили машину в комиссионном магазине, который является юр. лицом, то обязателен письменный договор, причём независимо от суммы, хоть меньше 1000 руб.
Другое дело, что по ГК РФ договоры должны быть ПОДПИСАНЫ сторонами, и есть масса судебной практики, что печать нужна только в установленных законом случаях.
Однако самым главным "юристом" является мл. лейтенант в регистрационном отделе ГИБДД. Я знаю случай, когда договор вернули из-за того, что в нём не указан цвет бензобака авто.. .
Совет: поставьте печать комиссионки, это не так трудно и головняка меньше.