как поставить на учет машину с измененным номерным агрегатом

Если номерной агрегат менялся после снятия с учета и до постановки, то могут возникнуть проблемы.
Прилагайте к обычному списку документов, необходимого для постановки на учет, документы, подтверждающие право собственности на номерной агрегат.
---------------------------------------------------
Можете сослаться на:

Не подлежат регистрации в Госавтоинспекции и не принимаются к производству рег. действий ТС-ва:

* изготовленные в РФ, в том числе из составных частей конструкций, предметов дополнительного оборудования, запасных частей и принадлежностей, или ввозимые на ее территорию сроком более чем на шесть месяцев, без представления документов, подтверждающих проведение их сертификации в порядке, установленном законодательством РФ (см. Центр сертификации)

* конструкция которых или внесенные в конструкцию изменения не соответствуют требованиям действующих в Российской Федерации правил, нормативов и стандартов в области обеспечения безопасности дорожного движения или сведениям, указанным в представленных документах;

(п. 3 Правил регистрации автомототранспортных средств и прицепов к ним в ГИБДД МВД РФ, утвержденных приказом МВД от 24.11.2008 № 1001)
-----------------------------------------------
В связи с многочисленными обращениями по вопросу выполнения различными организациями работ по капитальному ремонту автомобилей и, при необходимости, внесению изменений в их конструкцию, разъясняем следующее.

Данные работы должны выполняться на основании соответствующих договоров с собственниками ТС с выдачей им документов, подтверждающих право собственности на вновь устанавливаемые номерные агрегаты и узлы (кабины, рамы, двигатели) .

При этом указанные работы не могут быть квалифицированы в соответствии с п. 2 Правил регистрации, как изготовление ТС-в из составных частей конструкций, предметов дополнительного оборудования, запасных частей и принадлежностей, так как указанные ТС зарегистрированы в установленном порядке в Госавтоинспекции и имеют соответствующие регистрационные документы.

(Письмо ДОБДД МВД РФ от 04.06.2007 Г. № 13/5-97)

сначала на экспертизу, если там все прошло норм, то с заявлением в мрэо

Возми в авто маг справку счет, и приложи к документам.