Как зарегистрировать авто, собранное по частям?

3. Не подлежат регистрации в Госавтоинспекции и не принимаются к производству регистрационных действий транспортные средства:
изготовленные в Российской Федерации, в том числе из составных частей конструкций, предметов дополнительного оборудования, запасных частей и принадлежностей, или ввозимые на ее территорию сроком более чем на шесть месяцев, без представления документов, подтверждающих проведение их сертификации в порядке, установленном законодательством Российской Федерации <1>;
--------------------------------
<1> Статья 15 Федерального закона от 10 декабря 1995 г. N 196-ФЗ "О безопасности дорожного движения" (Собрание законодательства Российской Федерации, 1995, N 50, ст. 4873; 1999, N 10, ст. 1158; 2002, N 18, ст. 1721; 2003, N 2, ст. 167; 2004, N 35, ст. 3607; 2006, N 52 (часть I), ст. 5498; 2007, N 46, ст. 5553; N 49, ст. 6070); Правила по проведению работ в системе сертификации механических транспортных средств и прицепов, утвержденные Постановлением Госстандарта России от 1 апреля 1998 г. N 19 (зарегистрировано в Минюсте России 15 мая 1998 г. , регистрационный N 1522, с изменениями, внесенными Приказом Ростехрегулирования от 10.12.2007 N 3453, зарегистрирован в Минюсте России 20 декабря 2007 г. N 10776).
……
конструкция которых или внесенные в конструкцию изменения не соответствуют требованиям действующих в Российской Федерации правил, нормативов и стандартов в области обеспечения безопасности дорожного движения или сведениям, указанным в представленных документах;
…….
при обнаружении признаков подделки, скрытия, изменения, уничтожения маркировки, нанесенной на транспортные средства организациями-изготовителями, либо подделки представленных документов, регистрационных знаков, несоответствия транспортных средств и номерных агрегатов сведениям, указанным в представленных документах, или регистрационным данным, а также при наличии сведений о нахождении транспортных средств, номерных агрегатов в розыске или представленных документов в числе утраченных (похищенных) ;
(в ред. Приказа МВД РФ от 20.01.2011 N 28)
....
при наличии запретов и ограничений на совершение регистрационных действий, наложенных в соответствии с законодательством Российской Федерации.

Вам нужно предъявить документы, подтверждающие законную покупку вами всех номерных детелей вашего авто.

Если продавец перед тем как продать вам машину по-частям, снял ее с учета под утилизацию, то ее уже ни как не поставить на учет, что бы с ней не делали - кузов и ДВС на выброс.
Если с учета еще не снималась или была снята под продажу и кузов с двигателем те же что и были до разборки, то идете и оформляете как обычно при купле-продаже.

Сначала пройти экспертизу в лицензированной организации (список в МРЭО)